Tính đến thời điểm thanh tra tháng 3/2009, EVN đã cổ phần hóa được 30 đơn vị, gồm 6 nhà máy điện, 4 công ty tư vấn, điện lực tỉnh Khánh Hoà và 19 công ty khác. Tổng giá trị phần vốn nhà nước của các đơn vị tại thời điểm xác định giá trị doanh nghiệp để cổ phần hóa là khoảng 8.300 tỷ đồng. Số tiền thu được phải nộp về EVN khoảng 6.500 tỷ đồng, sau khi trừ phần vốn nhà nước và các khoản chi phí cổ phần hóa.
3 đơn vị cổ phần gồm CTCP Nhiệt điện Phả Lại (Nhiệt điện Phả Lại), CTCP Điện lực Khánh Hoà (Điện lực Khánh Hoà), CTCP Chế tạo thiết bị điện Đông Anh (Thiết bị điện Đông Anh) đã được thanh tra. Tổng giá trị phần vốn nhà nước tại thời điểm chuyển sang công ty cổ phần là 3.352 tỷ đồng, số phải nộp về EVN là 799 tỷ đồng.
Tuy nhiên, thời điểm thanh tra, số tiền vẫn chưa nộp hơn 14 tỷ đồng. Chưa kể, việc thực hiện cổ phần hóa tại EVN được tiến hành rất chậm. Theo quyết định của Thủ tướng, phải có 55 đơn vị được đưa vào cổ phần hóa đến năm 2008. Về sử dụng quỹ, hơn 756 tỷ đồng đã được EVN chi tạm ứng cho các dự án đầu tư nhưng không báo cáo Chính phủ.
Qua thanh tra Nhiệt điện Phả Lại, Điện lực Khánh Hoà, Thiết bị điện Đông Anh, thanh tra cho rằng, các đơn vị tư vấn đã tính toán sai giá trị doanh nghiệp, áp dụng không đúng suất đầu tư do Viện Kinh tế – Bộ Xây dựng ban hành, làm giảm giá trị doanh nghiệp, từ đó làm giảm giá trị phần vốn nhà nước với số tiền gần 4,5 tỷ đồng. Thanh tra Chính phủ cho rằng, Thiết bị điện Đông Anh chưa nộp đủ phần vốn nhà nước về EVN với số tiền còn phải nộp gần 15 tỷ đồng, ngoài ra chưa xác định số tiền hơn 350 triệu đồng do thanh lý các tài sản phải nộp về Quỹ hỗ trợ sắp xếp và cổ phần hóa doanh nghiệp.
Thiết bị điện Đông Anh cũng chưa bàn giao số tài sản không cần dùng với giá trị hơn 2 tỷ đồng; Điện lực Khánh Hoà chưa bàn giao 4 căn nhà ở TP Nha Trang mà tiếp tục sử dụng lại số tài sản sau khi loại ra khỏi giá trị doanh nghiệp với giá trị trên 1,5 tỷ đồng là sai quy định.
Từ kết quả trên, Tổng Thanh tra Chính phủ đề nghị EVN thu hồi 15,3 tỷ đồng phần vốn nhà nước còn phải nộp của Thiết bị điện Đông Anh; đề xuất với Thủ tướng Chính phủ biện pháp xử lý số tiền gần 4,5 tỷ do xác định giá trị tài sản sai và xin ý kiến chỉ đạo về những tồn tại khi quyết toán dự án Dây chuyền 2 Nhiệt điện Phả Lại. Đặc biệt, phải báo cáo Thủ tướng về việc xử lý số tiền hơn 756 tỷ đồng thu được từ việc cổ phần hóa các đơn vị thành viên mà EVN đã tạm ứng cho các dự án đầu tư.
